El sexenio de Aristóteles Sandoval estuvo marcado con sangre a menos de diez días de iniciado su Gobierno el Secretario de Turismo Jesús Gallegos Álvarez  fue atacado a balazos cuando transitaba a bordo de su camioneta en la zona de Andares y cerró con el asesinato de policías y comandantes del interior del estado.

Durante su gestión se consolidaron dos carteles en el estado, el Jalisco Nueva Generación y el Nueva Plaza, incluso se habla de la intromisión de un nuevo cartel; el de la Línea que aparentemente fue la encargada de ejecutar a seis policías en La Huerta, municipio que encabeza las desapariciones en el estado.

Precisamente el tema de desapariciones generó polémica debido a que el estado se colocó entre los tres primeros estados a nivel nacional con mayor número de desaparecidos, el caso de los tres estudiantes que según el Gobierno de Jalisco fueron disueltos en ácido colocó a la entidad en los reflectores internacionales, tanto así, que sólo les quedó dar carpetazo, que fue evidenciado por el ex titular del Instituto Jalisciense de Ciencias Forenses, quien reveló que no se encontraron pruebas de ADN de los jóvenes.

Declaración que en un futuro le costó el trabajo, cuando salió a la luz  el problema de hacinamiento de cadáveres mismos que eran albergados en un tráiler que los paseaba por diversos municipios del estado y es que cerca de  60 cuerpos fueron hallados en alrededor de diez fosas clandestinas que fueron localizadas en Jalisco tan sólo en 2018.