La estructura del Templo de San Francisco presenta fracturas en arcos, la azotea, así como daños en una de sus cúpulas y fachada, debido al paso de la tuneladora La Tapatía, las grietas podrían provocar el colapso de la edificación.

El Templo de San Francisco comenzó a construirse en el siglo XVI, por lo que tiene un valor histórico, sin embargo, la operación del Tren Ligero que pretende pasar bajo la iglesia, causará daños graves, por lo que expertos recomiendan que el trazo de la Línea 3 se modifique para garantizar la integridad de la construcción.

El templo de más de 400 años está en riesgo debido a las grietas que presenta por lo que en el mes de junio podría presentar mayores daños, debido a que el agua de las lluvias podría permear la estructura que está en riesgo de sufrir un derrumbe.

Aunque el edificio es histórico, entes como el INAH, el Gobierno del Estado y Siteur, no han tomado medidas preventivas.